文|陳根

腫瘤免疫療法已經(jīng)在全球范圍內(nèi)掀起了一波又一波的熱浪，被稱為癌癥治療的“第三次革命”。該療法主要通過調(diào)動(dòng)癌癥患者自身的免疫系統(tǒng)，增強(qiáng)免疫細(xì)胞的功能來對(duì)抗癌癥。

但值得注意的是，僅部分患者能夠從免疫療法中受益，許多患者對(duì)該療法沒有反應(yīng)。而這種現(xiàn)象與腫瘤抗原水平以及T細(xì)胞數(shù)量（免疫浸潤程度）密切相關(guān)。

淋巴細(xì)胞（T lymphocyte）簡稱T細(xì)胞，是由來源于骨髓的淋巴干細(xì)胞，在胸腺中分化、發(fā)育成熟后，通過淋巴和血液循環(huán)而分布到全身的免疫器官和組織中發(fā)揮免疫功能。

現(xiàn)在流行的癌癥疫苗方案往往都需要先發(fā)現(xiàn)和確認(rèn)腫瘤細(xì)胞相關(guān)抗原。這些抗原，有數(shù)百種之多。正在進(jìn)行中的臨床試驗(yàn)中，差不多一半要涉及到一種或多種抗原。盡管腫瘤抗原水平已經(jīng)可以從全外顯子測序（WES）數(shù)據(jù)中估計(jì)出來，但是對(duì)腫瘤免疫微環(huán)境中T細(xì)胞數(shù)量的預(yù)測仍然需要額外的樣本數(shù)據(jù)。

近日，英國倫敦大學(xué)癌癥研究所Nicholas McGranahan領(lǐng)銜的研究團(tuán)隊(duì)在《自然》發(fā)表重要研究成果，他們開發(fā)了一個(gè)名為T cell ExTRECT的工具，能直接通過腫瘤組織樣本或血液樣本W(wǎng)ES數(shù)據(jù)估計(jì)腫瘤免疫微環(huán)境中T細(xì)胞數(shù)量。

一般情況下，T細(xì)胞成熟過程中會(huì)在T細(xì)胞受體（TCR）基因會(huì)發(fā)生V(D)J重組，這就形成了一個(gè)類似于體細(xì)胞拷貝數(shù)變異（SCNA）的生物學(xué)事件。而T cell ExTRECT利用了其中機(jī)制，并且借鑒了計(jì)算SCNA的工具的原理，利用TCRA的測序讀段深度的比值（RDR）估計(jì)腫瘤樣本中T細(xì)胞的數(shù)量。

為了驗(yàn)證T cell ExTRECT的準(zhǔn)確性，研究人員首先分別計(jì)算了T細(xì)胞淋巴瘤（數(shù)據(jù)來源于JURKAT，PEER，HPB-ALL）和結(jié)直腸癌（來自于HCT116細(xì)胞系）樣本中的TCRA T細(xì)胞比例。結(jié)果顯示，結(jié)直腸癌中TCRA T細(xì)胞比例接近于0，而T細(xì)胞淋巴瘤則接近于1，這就表明T cell ExTRECT能準(zhǔn)確的判斷樣本中是否存在T細(xì)胞。

此外，研究人員又與另外一個(gè)利用DNA測序數(shù)據(jù)計(jì)算T細(xì)胞比例的類似方法進(jìn)行了比較。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在相同的數(shù)據(jù)中（TRACERx100隊(duì)列），兩種方法得出的結(jié)果有顯著的相關(guān)性，但是T cell ExTRECT有更穩(wěn)定的表現(xiàn)。

未來，該發(fā)明有利于讓高效的治療方案快速實(shí)施。